Ami a Szentpéteri plébánia eredetét illeti, az a Szent Lázár és János betegápoló renddel kapcsolatos, amelynek letelepedéséről III. István király 1166. október 24-i oklevelében intézkedett kolostoralapítással, templommal és saját plébánossal. Ehhez a templomhoz tartozhatott a források által 1557-ben említett Szent Erzsébet, valamint az 1559-ben említett Szentlélek- és Szent Jób otthon.
A 12–13. században létezett egy önálló, saját templommal rendelkező Szentpéter nevű falu, amely áldozatul esett a tatárjárásnak. A középkorban újra benépesült egyházközség a kolozsvári plébániához tartozott. Idővel a várfalakon kívül is építkező Kolozsvár és a terjeszkedő falu összeért, így jött létre a későbbi Külmagyar utca, amelyet a források Szentpéter utcájaként emlegettek. A plébániatemplom régiségét igazolja az 1445-ből ismert oklevél, amely szerint a szentpéteri hívek kifejtik, hogy Szent Péter és Pál egyháza ősi plébánia és így joguk van plébánosválasztáshoz is.
A 15. században hol önálló plébánia volt, máskor a főtéri Szent Mihályból látták el. A hívek 1560 körül áttértek az unitárius vallásra. A Rákóczi-szabadságharc idején a falu újra leégett, templomának csak a falai maradtak meg. A szatmári béke után újratelepült falu templomát felújították, ezt a katolikusok 1716-ban a főtéri templommal egy időben, a császári seregek parancsnokai támogatásával visszafoglalták. Amikor a minoriták 1723-ban visszatelepedtek Kolozsvárra, Antalffy János püspök rájuk bízta Szentpéteren a lelkipásztorkodást. Aztán ők a belvárosban építették fel a templomukat – jelenleg a Deák Ferenc utcai görögkatolikus székesegyház –, de továbbra is lelkipásztorkodtak Szentpéteren.
Megtartva a hajó egy részét, a középkori templom alapjaira 1844–47 között felépült a Szent Erzsébet Királyi Kórház költségén az új, neogótikus templom, amelyet Kagerbauer Antal – a romantika korának legjelentősebb kolozsvári építésze – tervezett. Ez nem a plébánia temploma volt, hanem az öregotthoné, de természetesen a környék hívei is látogatták. A 20. század fordulójáig a minorita atyák végezték a lelkipásztori szolgálatot. Közülük a leghíresebb Bardócz Sándor volt, aki 1849-ben az aradi minorita rendház káplánjaként október 6-án meggyóntatta és a vesztőhelyre kísérte a tizenhárom aradi vértanú két kimagasló tagját Schweindel Józsefet és Török Ignácot. Bardócz Sándor 19 éven át szolgált Szentpéteren. 1892-ben hunyt el, sírja a Házsongárdi temetőben van. A Szentpéteri plébániát Majláth Gusztáv Károly püspök 1901. június 17-én nyilvánította önállóvá.
