Eszmetörténeti és intézményi gyökerének tekinti az SZTE a Báthory István erdélyi fejedelem, majd lengyel király és Litvánia nagyhercege által Kolozsvárott létrehozott egyetemet.
1581. május 12-én Vilniusban írta alá Báthory a kolozsvári jezsuita akadémia, az első újkori, magyar és kétkarú katolikus egyetemi intézmény alapítólevelét. Ez az egyetemalapítás illeszkedik a tudománypártoló magyar uralkodók kísérleteinek sorába, amellyel megpróbálták hazai földön meghonosítani a felsőfokú képzést. A hányatott sorsú intézmény, az 1872-től négykarú Magyar Királyi Kolozsvári Tudományegyetem, majd 1881-től Magyar Királyi Ferenc József Tudományegyetem meghatározó szerepet töltött be Erdély és a szomszédos régiók tudományos fejlődésében, a magyarság kulturális, gazdasági és közéleti önszerveződésében. Az I. világháború viharaiban Kolozsvárról száműzött tudományegyetemet 1921-ben fogadta be Szeged.
Az egyetemalapítás évfordulóján, 2017. május 12-én a szegedi Nemzeti Emlékcsarnokban az „egyetemalapító” Báthory István mellszobrát együtt koszorúzta meg a kolozsvári BBTE tanulmányi rektorhelyettese, Soós Anna és az SZTE oktatási rektorhelyettese, Karsai Krisztina.
Az SZTE és a BBTE kétoldalú kapcsolatainak, valamint az oktatás és a kutatás színvonalának erősítését célzó korábbi megállapodásra alapozva, a 436. „születésnapon” a közös egyetemtörténeti kutatások támogatásáról szóló dokumentumot látta el kézjegyével Szabó Gábor, az SZTE rektora és – a BBTE vezetése megbízásából – Soós Anna rektorhelyettes. Az SZTE Rektori Hivatal épületének dísztermében tartott ünnepségen elmondott köszöntőjében a kolozsvári vendég kiemelte: a két intézmény közötti kooperáció célja a kolozsvári királyi tudományegyetem 1872 és 1919 közötti, valamint az 1919. május 12-i átvételét követően ott 1921-ig működött ún. felekezetközi egyetem történetére vonatkozó dokumentumok elektronikus másolatainak összegyűjtése, elemzése, forráskiadványok készítése. Az SZTE rektora aláhúzta: a kolozsvári, illetve a szegedi universitas és elődei históriáját bemutató könyvsorozat második kötetét magyarországi és romániai szerzőgárda készíti. A munka – a két intézmény egyetemtörténeti bizottságainak a koordinálásával – elkezdődött. Ennek egyik „terméke” a testvérintézmények 1872–1919 közötti históriáját bemutató posztergyűjtemény, amelyet Szegeden először tártak a nyilvánosság elé az egyetemtörténeti évfordulón. A Szegedi Egyetemi Kiadó gondozásában készülő egyetemtörténeti nagymonográfia II. kötetét várhatóan 2021-ben, az intézmény Szegedre kerülése 100. évfordulóján mutatják be.
A BBTE és az SZTE vezetője azt a szerződést is aláírta, amely a magyar kormány Emberi Erőforrások Minisztériuma Makovecz Programjának révén, a jövőbe mutatóan biztosítja a cserekapcsolatok erősítését.
