Míg a börtönben volt, négy olyan határozatot hozott az Alkotmánybíróság, amelyek szerint gyakorlatilag nem lett volna szabad őt elítélni. „Milyen jogállam az, amely nem tartja tiszteletben az Alkotmánybíróság döntéseit?” – tette fel a kérdést. Megtudtuk: miután Romániában minden jogorvoslati lehetőséget kihasznált, az Emberi Jogok Európai Bíróságnál panaszolta be a román államot.
Az RMDSZ volt miniszterét 2014 januárjában egy postaépület jogtalan elidegenítése miatt hivatali hatalommal való visszaélés vádjával ítéltek négyévi felfüggesztett börtönbüntetésre. 2015 januárjában a 2005–2006-os stratégiai privatizációk ügyében kapott újabb – ezúttal már letöltendő – négyéves börtönbüntetést. Az összevont büntetésekből 982 napot töltött le, amikor a jó magaviselete miatt szabadulhatott. A vádhatóság szerint Nagy Zsolt stratégiai privatizációs ügyekben adott ki bizalmas információkat külföldieknek magánosításra váró állami vállalatokról. Az ügyészség hazaárulással is vádolta, de ezt a vádat ejtette a bíróság. Az RMDSZ volt politikusa ártatlannak vallotta magát, és azt hangoztatta: nincs közvetlen bizonyíték ellene, az ügyészség csak mások lehallgatott telefonbeszélgetései alapján következtetett bűnösségére.
