A volt államfőt az 1989-es forradalom ügyében több bűncselekmény elkövetésével vádolják.
Ion Iliescut, a Nemzeti Megmentési Front Tanács (CFSN) tagját és elnökét, Gelu Voican Voiculescut, a CFSN tagját és Románia kormányának volt miniszterelnök-helyettesét, Iosif Rust, a légierő volt parancsnokát és Emil (Cico) Dumitrescut, a CFSN volt tagját emberiesség ellen elkövetett bűncselekményekkel vádolják.
Korábban emberiesség elleni bűncselekmények miatt terjesztette ki a nyomozást a katonai ügyészség Ion Iliescu volt államfőre, aki a gyanú szerint 1989. december 27–31. között követhette el. A katonai ügyészség közleménye szerint az említett időszakban a Nemzeti Megmentési Front Tanácsa (CFSN) gyakorolta de facto a központi hatalmat, „valóságos kormányként működött”, annak tagjai miniszteri rangnak megfelelően jártak el egészen az 1989. december 27-én megjelent 2-es számú törvény elfogadásáig, amelynek értelmében a tanács elnöke államfői rangot kapott, a tanács jogkörét pedig elválasztották a kormány feladataitól.
Iliescu, aki a politikai-katonai jellegű parancsnokság kezdeményezője és koordinátora is volt, később pedig a CFSN elnöke lett, a katonai ügyészség szerint „katonai jellegű intézkedéseket fogadott el és tett hivatalossá, amelyek közül nem egy nyilvánvalóan diverzionista jellegű volt. Teljhatalmát felhasználva Iliescu Ion közbeléphetett volna, és megállíthatta volna a diverziót, de nem tette meg. A katonák és a felfegyverzett civilek körében már szélsőséges méreteket öltött terrorpszichózisának, számos diverziós célú katonai paranccsal együtt (például katonai csapatok kivonulása, legtöbbször éjszaka) közvetlen eredménye volt, hogy számos esetben tört ki baráti tűz, illetve sokszor nyitottak tüzet olyan emberekre, akik nem végeztek semmilyen, a forradalmi mozgalommal ellentétes tevékenységet” – vonják le a következtetést a katonai ügyészek.
A forradalom ügyiratában Iliescu mellett a légierő akkori parancsnoka, Rus Iosif, illetve Emil Dumitrescu admirális ellen is vádat emeltek. A gyanú szerint Rus 1989. december 22-én „önkényesen és jogtalanul” eszközölte ki, hogy egy parancs alapján az Otopeni repülőtér védelmére a Szekuritáté egy alegységét is kiküldjék. Mivel azonban a parancsot olyan személy adta, aki nem volt jogosult a reptér őrzésének és védelmének kapcsán eljárni – az ugyanis saját védelmi tervvel rendelkezett –, súlyos zavart okozott az objektum őrzésével megbízott erők között, ez pedig „a védelmi minisztérium katonái és a Szekuritáté csapatai között kirobbant baráti tűz előfeltételeinek alapvető fontosságú megteremtője volt”.
A december 23-án reggel kirobbant „szabálytalan és szükségtelen” tűzharcban 48 ember halt meg, és 15-en megsérültek.
Szintén Rus volt az, aki ugyanezen a napon elrendelte, hogy a boteni-i 61-es ezred helikoptereit átfessék, a rajtuk található trikolórt mással helyettesítsék. Az átfestett helikoptereket aztán Bukarest fölé küldte (például a televízió székházához, illetve a Ghencea temetőhöz stb.), állítólag a terrorveszély elhárítására, de valójában azzal a céllal, hogy a talajon szolgálatot teljesítő, az említett helyszíneket őrző katonák körében zavar keletkezzék, ami egyrészt újabb baráti tűzhöz vezetett, másrészt tovább erősítette az állítólagos terrorveszély miatti pszichózist. Az ügyészség közleményében leszögezi: utólag kiderült, hogy a terrorfenyegetettségről szóló információk egytől egyig hamisak voltak.
Ugyanakkor alapos a gyanú, hogy Emil (Cico) Dumitrescu a katonai ügyészség szerint december 22-én, a Román Televízió adásában diverziós céllal hamis értesüléseket közölt, amivel „emberi életek elvesztéséhez, testi sérülésekhez és számos ember szabadságának korlátozásához” járult hozzá. Dumitrescu egyébként tagja volt a TVR katonai parancsnokságának is, és pozícióját arra használta fel, hogy tovább erősítse a terrorveszély miatti pszichózist.
