Tőkés László 2016 júniusában fordult az Emberi Jogok Európai Bíróságához a nagyváradi képviselői irodájának az erkélyére 2014 júniusában kitűzött székely zászló ügyében foganatosított közigazgatási intézkedések miatt. A Bihar megyei törvényszék 2015 novemberében jogerős ítéletben reklámzászlónak minősítette Székelyföld jelképét. Tőkés Lászlót a nagyváradi polgármesteri hivatalnak alárendelt helyi rendőrség ezt követően felszólította a reklámzászlónak minősített székely zászló és partiumi zászló eltávolítására.A strasbourgi székhelyű Európa Tanács felügyelete alatt működő emberi jogi bíróság kedden közzétett ítéletében nem értett egyet Tőkés László azon véleményével, miszerint a szabad véleménynyilvánításhoz való jogába való hatósági beavatkozás miden jogi alapot nélkülözött, ugyanakkor helyt adott a panaszának, megállapítva, hogy a székely zászló eltávolítását elrendelő bíróság nem teljes körültekintéssel járt el az ügy kivizsgálása folyamán, illetve határozatának indoklása hiányos.
Megállapította, hogy reklámzászlónak minősített jelkép eltávolítását elrendelő ítélet indokolása túlzottan szűkszavú, és nem tartalmaz elegendő információt ahhoz, hogy megismerhető legyen belőle az eljárás indoka. A jogsértés miatt az emberi jogi bíróság anyagi jóvátétel megfizetésére szólította fel Romániát.
